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聞味識動物!空氣里含有足夠DNA來識別動物園中動物

2022年01月07日 14:49   來源:經(jīng)濟(jì)日報新聞客戶端   

  動物園里的空氣充滿了各種氣味,從用作飼料的魚到食草動物的糞便。但你知道嗎,它也充滿了生活在那里的動物的DNA。在1月7日的細(xì)胞出版社(Cell Press)旗下期刊Current Biology (《當(dāng)代生物學(xué)》)上,兩個研究小組各自發(fā)表了一項獨(dú)立的概念驗證研究,表明通過從當(dāng)?shù)貏游飯@采集空氣樣本,他們就可以收集到足夠的DNA來識別附近的動物。這可能被證明是追蹤生物多樣性的一種有價值、非侵入性的工具。

  “捕獲來自脊椎動物在空氣中傳播的環(huán)境DNA,甚至有可能使我們探測到那些看不到的動物!备绫竟髮W(xué)研究團(tuán)隊負(fù)責(zé)人Kristine Bohmann說。

  陸生動物可以通過許多方式加以監(jiān)測:直接通過攝像機(jī)和現(xiàn)場觀察,或者間接通過它們留下的東西,比如腳印或糞便。這些方法的缺點(diǎn)是需要進(jìn)行密集的野外工作,并且需要動物在場。例如,通過攝像機(jī)監(jiān)控動物需要知道在動物路徑上放置攝像機(jī)的位置,并從成千上萬張圖片中篩選,這通常還需要一點(diǎn)運(yùn)氣。

  “在我職業(yè)生涯的早期,我曾去過馬達(dá)加斯加,希望能看到很多狐猴。但實際上,我很少見到它們。相反,我只是聽到它們從樹冠上跳開!盉ohmann說,“所以,對許多物種來說,通過直接觀察發(fā)現(xiàn)它們需要做很多工作,尤其是如果它們神出鬼沒,生活在非常封閉或難以接近的棲息地。”

  “與人們在河流和湖泊中發(fā)現(xiàn)的東西相比,監(jiān)測空氣中的DNA真的非常困難,因為空氣中的DNA似乎被超級稀釋了!眰惗噩旣惻醮髮W(xué)研究小組的首席研究員Elizabeth Clare (Clare現(xiàn)在在多倫多約克大學(xué))說,“但我們的動物園研究在不同的樣本、基因、地點(diǎn)和實驗方法上還沒有失敗。所有這些都非常有效。”

  Bohmann和Clare通過收集含有動物脫落DNA的其他樣本,從他們過去監(jiān)測野生動物的研究中汲取了大量資源。這被稱為“環(huán)境DNA”或eDNA,是一種成熟的技術(shù),最常見的是通過對水樣中的eDNA進(jìn)行測序來監(jiān)測水生生物。

  “空氣包圍著一切,我們希望在優(yōu)化對動物DNA的真實檢測的同時,避免樣本受到污染! Bohmann說,“我們對空氣中eDNA的最新研究涉及到我們通常處理eDNA樣本時所做的事情,只是稍微調(diào)整了一下!

  每個研究小組都在當(dāng)?shù)貏游飯@進(jìn)行他們的研究,在動物園的不同地方收集樣本,包括熱帶房屋和室內(nèi)馬廄等有圍墻的圍欄,以及露天的室外圍欄!盀榱耸占諝庵械膃DNA,我們使用了一個風(fēng)扇,就像你用來冷卻電腦的風(fēng)扇一樣,并在風(fēng)扇上附加了一個過濾器。然后我們讓它運(yùn)行一段時間!备绫竟髮W(xué)第一作者、博士后研究員Christina Lynggaard說。

  風(fēng)扇從動物園和周圍的環(huán)境中吸進(jìn)空氣,這些空氣可能含有多種來源的遺傳物質(zhì),比如呼吸、唾液、皮毛或糞便,盡管研究人員還沒有確定其確切來源。 “它可以是任何在空中飛行的東西,而且足夠小,可以持續(xù)漂浮在空中!盠ynggaard說,“在空氣過濾后,我們從過濾器中提取DNA,并使用PCR擴(kuò)增技術(shù)復(fù)制了大量動物DNA。在DNA測序之后,我們處理了數(shù)以百萬計的序列,并最終將它們與一個DNA參考數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比較,以確定動物物種。”

  “這是一種信念上的飛躍,因為當(dāng)你處理常規(guī)組織,甚至水生DNA樣本時,你可以測量有多少DNA,但我們處理的這些樣本是法醫(yī)鑒定的微量DNA! Clare說,“在很多情況下,當(dāng)我們只取樣幾分鐘時,我們無法測量DNA,所以我們必須跳到PCR的下一個階段,即找出其中是否有任何物質(zhì)。當(dāng)我們進(jìn)行數(shù)小時的抽樣時,我們會得到更多,但這是一種權(quán)衡!

  在每一項研究中,研究人員都發(fā)現(xiàn)了動物園內(nèi)的動物和附近的野生動物。Clare的團(tuán)隊來自倫敦瑪麗女王大學(xué),他們檢測到了25種哺乳動物和鳥類的DNA,甚至還檢測到了在英國瀕臨滅絕的歐亞刺猬的DNA。哥本哈根大學(xué)的Bohmann團(tuán)隊則發(fā)現(xiàn)了49種非人類脊椎動物,包括哺乳動物、鳥類、爬行動物、兩棲動物和魚類。這些動物包括動物園里的動物,如??狓和犰狳,甚至熱帶溫室池塘里的孔雀魚,以及當(dāng)?shù)氐膭游,如松鼠,和有害的動物,如褐鼠和家鼠。此外,他們還在動物園里發(fā)現(xiàn)了用作其他動物飼料的魚類。兩個團(tuán)隊都采取了廣泛的措施來檢查他們的樣本是否被污染,包括被實驗室里已經(jīng)存在的DNA污染。

  通過選擇一個動物園作為他們研究的地點(diǎn),研究人員知道了大量非本地物種的位置,這樣他們就可以分辨出真實信號和污染物之間的區(qū)別。“我們本來想去農(nóng)場,但如果你采集到奶牛的DNA,你必須問:‘這頭牛是在這里,還是在100英里以外,還是在某人的午餐里?’”Clare說,“但以動物園為模型,除了動物園的老虎,我沒有其他方法能夠檢測到老虎的DNA。這讓我們能夠真正測試檢出率!

  Clare說:“我們的實驗室都在開發(fā)和應(yīng)用新工具,所以也許我們在同一時間有了相同的想法并不奇怪。

  然而,這兩個研究小組同時在《當(dāng)代生物學(xué)》發(fā)表論文絕不是巧合。兩個小組在一個預(yù)印本服務(wù)器上看到彼此的文章后,決定共同向雜志投稿。 “我們決定賭一把,我們不愿意在這個項目上競爭! Clare說,“事實上,這是一個非常瘋狂的想法,我們最好有獨(dú)立的證據(jù)證明這是有效的。兩個團(tuán)隊都非?释吹竭@項技術(shù)的發(fā)展!保ń(jīng)濟(jì)日報記者 佘惠敏)

(責(zé)任編輯:張雪)